中国巡检司的设立最早起源于元朝，到了明朝，朱元璋对巡检司制度进行了改革和完善。朱元璋曾敕谕天下巡检：“朕设巡检于关津，扼要道，察奸伪，期在士民乐业、商旅无艰。”清朝建立后，将巡检司制度完整地保留并继承下来，直至清末。
巡检司一般设于关津要道和要冲之处，归当地州县管辖，洪武十三年（1380）八月定天下巡检为杂职。洪武十七年（1384）十月，改巡检司巡检品级为从九品，可见朝廷对这个最基层的小芝麻官也是如此的重视。
明代巡检司具有军事武装性质，却属于地方行政辖属。《明太祖实录》诸多记载表明，巡检司的设置、裁撤、考核皆由兵部掌管。弓兵乃地方性武装力量，巡检司则是地方性军事机构。巡检统领相应数量的弓兵，负责稽查往来行人，捕盗贼。缉拿奸细、截获脱逃军人及囚犯，打击走私，维护正常的商旅往来等是设置巡检司的主要工作。不过，巡检不能参与地方钱粮、司法等其他事务。巡检虽然可以缉捕盗贼、捉拿犯人，却不允许插手词讼。
苏北里下河千年古镇沙沟历史上就设立过巡检司。清乾隆年间《盐城县志》载，万历年间盐城立县，有两关一寨，两关即清沟关、喻口关，一寨为沙沟海口寨，军事行政机关沙沟设有巡检司。之所以在沙沟设巡检司，清光绪年间《盐城县志》说得很清楚：沙沟汛地，多湖荡。南通兴化，北通阜宁，西界山阳、高邮。烟水渺茫，苇莆茂密。向为藏奸，渊蔽行旅，恒被其害，宜多设巡船，选择轩弁往来，巡缴以清伏莽渔舟，宜编立字号，互具保状，以便稽查，所以设立巡检司。
从上述文字看来，旧时的沙沟作为五县交界之中心，又是湖荡纵横交错，更有无边无际的芦苇荡，确实是藏匪纳寇的最佳场地。这些乌合之众水性极佳，在深水里能一口气潜游到对岸，在湖中踩水如同在陆地上行走。他们以芦荡为掩护，神出鬼没，拦劫南来北往的商船民船，杀人抢劫，贩卖私盐，无恶不作，严重地影响了地域治安和百姓的安全。官府当然不能容忍匪寇的作恶行径，所以说在沙沟这么一个特殊之地设立巡检司，是当时封建王朝维护政局稳定和百姓安宁的明智之举。
沙沟巡检司巡署设立在镇东，当时配备30名弓兵和巡检快船。巡检司对所辖区域的船只都进行登记编号造册，一旦发现船只失窃或者船只被劫，巡检司便按船号进行稽查和侦缉。
巡检司发布条令明文规定，凡拥有或新钉船只的用户都必须到巡署登记注册，违者不但船只被没收，还将受到刑法处置。
当时巡检司有一高招叫“互具保状”，即每两条船结成对子，两条船的船主对双方船只安全等事项相互签署保证状，无论哪条船失窃，双方都有责任；无论哪条船有犯罪行为，双方都要吃官司。这样做双方船主就有了相互关照，相互监督，相互制约。如此结对具保，对当时的水上船只安全和水上交通秩序起了很大的维护作用。加之巡检司的快船每日对土匪经常出没的水域进行巡查，有力地打击和遏制了土匪的嚣张气焰，减少了重大案件的发生，对维护沙沟地区治安和交通安全作出了历史性的贡献。
孙中山先生领导的辛亥革命推翻了清政府，沙沟巡检司巡署也随之结束了它的历史使命。